La primera, digamos, dificultad con el IDE Netbeans que tuve fue, al querer acomodar los botones o cualquier tipo de contenedor en un jPanel o jFrame.
Después de colocar la mayoría de estos insertaba uno más o cambia de tamaño a alguno haciendo mover a todos los demás. El tiempo y esfuerzo se perdió al desordenarse todo.
Si uno no está acostumbrado al trabajo con layouts lo único que se tiene que hacer es anular el layout.
Para anular el layout hacemos:
1.- Clic derecho dentro del jPanel o jFrame (un lugar vacio).
2.- Ir al menu desplegable "Set Layout"
3.- Buscar la opción "Null Layout"
4.- Clic izquierdo
Como se muestra en la siguiente imagen.
Recuerda definir el tamaño de tu ventana.